Kehittämisyhdistys Kalakukko ry:n ylintä päätösvaltaa käyttää sen jäsenistö yleiskokouksissa, joissa valitaan mm. yhdistyksen hallitus. Hallitukseen kuuluu puheenjohtaja, kahdeksan jäsentä ja näiden henkilökohtaiset varajäsenet. Hallituksen kokoonpanossa noudatetaan kolmikantaperiaatetta, eli hallituksen jäsenet edustavat tasapuolisesti alueen asukkaita, kuntia, yrityksiä ja yhdistyksiä. Hallitus valitaan vuodeksi kerrallaan ja sama hallituksen jäsen voi toimia tehtävässään yhtäjaksoisesti enintään kolme vuotta.
Hallitus vastaa hallinnosta ja taloudesta yhdistyksen varojen osalta. Muina tehtävinä ovat rahoitettavien hankkeiden valinta sekä tulosten seuranta hankkeista saatavien tietojen ja omien arviointien perusteella. Lisäksi hallituksen jäsenet tiedottavat toiminnasta omille sidosryhmilleen sekä ovat mahdollisuuksien mukaan mukana aktivoimassa toimijoita.
Hallitus vuonna 2010
Hallitus vuonna 2011
Hallitus vuonna 2012
