Kehittämisyhdistys Kalakukko ry:n ylintä päätösvaltaa käyttää sen jäsenistö vuosikokouksissa, joissa valitaan mm. yhdistyksen hallitus. Hallituksen kokoonpanossa noudatetaan kolmikantaperiaatetta, eli hallituksen jäsenet edustavat tasapuolisesti maaseudun asukkaita, kuntia, yrityksiä ja yhdistyksiä. Hallituksessa on edustus jokaisesta Kalakukko-alueen kunnasta ja Kuopioon liittyneistä alueista. Hallitus valitaan vuodeksi kerrallaan ja sama hallituksen jäsen voi toimia tehtävässään yhtäjaksoisesti enintään kolme vuotta. Puheenjohtajaksi voidaan valita sama henkilö yhtäjaksoisesti enintään kuudeksi vuodeksi.
Hallitus vastaa hallinnosta ja taloudesta yhdistyksen varojen osalta. Muina tehtävinä ovat rahoitettavien hankkeiden valinta sekä tulosten seuranta hankkeista saatavien tietojen ja omien arviointien perusteella. Lisäksi hallituksen jäsenet tiedottavat toiminnasta omille sidosryhmilleen sekä ovat mahdollisuuksien mukaan mukana aktivoimassa toimijoita.
Hallituksen jäsenelle maksetaan kokouspalkkiona 80 € /kokous. Hallituksen puheenjohtajalle maksetaan 105 € /kokous sekä vuosipalkkiona 1200 € /v. Matkakulut korvataan valtion matkustussäännön mukaan.
Kalakukon hallituksen kokoonpano 2020-2021 (vuoden 2021 kevät/vuosikokoukseen asti):
Puheenjohtaja Marianna Kauhanen Rautavaaralta
Maaseudun asukkaat ja pienet yritykset -mandaatin edustajat:
Maaninka: Jorma Kokkonen ja varalla Seija Laakso
Vehmersalmi: Pertti Iivanainen ja varalla Marja-Leena Ludwig (yhteisö)
Yhteisöt ja suuret yritykset -mandaatin edustajat:
Nilsiä: Jorma Holopainen ja varalla Eila Tolppanen
Karttula: Jyrki Viitanen ja varalla Margit Ropponen
Tuusniemi: Pirjo Smolander ja varalla Hannu Hyvärinen
Juankoski: Markus Rönkkö ja varalla Päivi Kukkonen (maaseudun asukas)
Rautavaara: puheenjohtaja Marianna Kauhanen ja varalla Marita Riekkinen
Julkishallinnon edustajat:
Kuopio: Sirpa Niemi ja varalla Väinö Vähäsarja
Siilinjärvi: Seppo Kiiski ja varalla Jukka Tuppurainen
Kaavi: Hilkka Tiilikainen ja varalla Kaija Julkunen